補充醫療保險是國家給予政策支持的一種員工保障福利，對內它可以解決員工醫療負擔，對外可以提高企業在人才競爭中的吸引力，目前已經成為多數企業的一項常規福利。國家要求補充醫療保險在單位自管的基礎上，為了擴大資金的共濟能力，鼓勵中小企業實行統籌或委托商業保險公司進行管理。然而在政策執行過程中，補充醫療保險是否應該計繳個稅，又該如何計繳個稅成為一個困擾不少企業財務人員的問題。本文根據現實中不同企業的不同處理方法，對補充醫療保險進行涉稅風險分析。
一、企業對補充醫療保險的相關處理
企業為員工購買的補充醫療保險，不同的企業處理方式不同，主要分以下兩種：一種是委托商業保險公司進行管理，作為個人收入的一部分；一種是由企業自行統籌管理，職工發生重大疾病，持醫院相關收費單據來企業進行報銷。
二、法律法規的相關規定
根據《財政部國家稅務總局關于基本養老保險費基本醫療保險費失業保險費住房公積金有關個人所得稅政策的通知
各省、自治區、直轄市、計劃單列市財政廳（局）、國家稅務局、地方稅務局，財政部駐各省、自治區、直轄市、計劃單列市財政監察專員辦事處，新疆生產建設兵團財務局：
根據上述文件規定，企事業單位按照國家或省級人民政府規定的繳費比例或辦法實際繳付的基本養老保險費、基本醫療保險費、失業保險費和住房公積金，免征個人所得稅。在該文件的免稅項目中，不包括補充醫療保險，所以，企業為職工支付的補充醫療保險應當征收個人所得稅。
三、實際操作中存在的問題
企業為職工個人購買商業性補充醫療保險等，在辦理投保手續時應作為個人所得稅的工資、薪金所得項目，按稅法規定繳納個人所得稅。個人所得稅的具體納稅時間應當按照《國家稅務總局關于單位為員工支付有關保險繳納個人所得稅問題的批復》（國稅函[2005]318號）規定，對企業為員工支付各項免稅之外的保險金，應當在企業向保險公司繳付時并人員工當期的工資收入，按工資、薪金所得項目計征個人所得稅，稅款由企業負責代扣代繳。
根據財稅[2006]10號文件的規定；企業為職工支付的補充醫療保險金不屬于免稅項目，應當征收個人所得稅。根據目前的普遍做法，各地社會保險基金管理中心并不負責補充醫療基金的管理，通常做法是企業委托商業保險公司代為管理或由企業自行管理。如果企業將補充醫療保險委托商業性保險公司管理，則應當在保險公司落到被保險人的保險賬戶時代扣代繳個人所得稅。
企業自行管理模式通常用于支付職工和退休人員在定點醫療機構和定點零售藥店發生的費用，包括個人賬戶不足支付的醫療費用、基本醫療保險統籌基金支付之余應由個人支付的醫療費用以及大額醫療費用互助資金支付之余應由個人支付的醫療費用。補充醫療保險由企業管理。企業補充醫療保險費當年結余部分，結轉下一年度使用。由于企業計提補充醫療保險時并沒有落人個人賬戶，而且以后每位職工報銷的醫療費用金額不等，這種管理模式就很難代扣代繳個人所得稅。
四、解決之道
如果按照稅局的規定，對補充醫療保險計繳個稅，則應做以下賬務處理
（一）會計處理問題。
（1）對委托商業性保險公司進行管理的補充醫療保險
（2）對納入企業統籌由企業自行管理的補充醫療保險的會計處理同委托商業性保險公司進行管理的補充醫療保險。
（二）納稅問題。
（1）對委托商業性保險公司進行管理的補充醫療保險，應在計提時按照計提數直接合并入當月工資薪金進行個人所得稅的計繳；
（2）對納入企業統籌由企業自行管理的補充醫療保險，應在職工拿醫院有效收費單據報銷的當月，按實際報銷金額合并入當月工資薪金進行個人所得稅的計繳。
總結
對于委托商業保險公司進行管理的補充醫療保險，這筆錢最終屬于職工，所以納入各月工資薪金進行繳納無疑；而對于納入企業統籌由企業自行管理的補充醫療保險，因為職工并非直接接受到了這筆收入，故要求全部計入當月工資薪金進行計繳個稅略顯不公平，然而按照實報實銷的金額合并進入當月工資薪金進行計繳個稅難免存在稅務風險，所以作者認為，是否可以考慮將納入企業統籌方式的補充醫療保險，計入應付職工福利費，而非計入應付職工薪酬，以此方式來合理的避免這部分的金額計繳個稅。
