薩本棟本有機會離開中國。

他1922年5月從清華畢業，7月赴美留學，兩年后就讀完工學本科，又過了三年，便拿下了理學博士學位。畢業后的工作也很牛??在大名鼎鼎的西屋電氣做研究員。

但1928年，他的精神偶像葉企孫親自聘他，要他回國當清華的物理教授，薩本棟二話不說，整裝回國。

他心里一直憋著氣。那時美國排華嚴重，他求學時就默默隱忍，和其他留學生一道組成西部中國留學會，要以自尊自愛的風范“改換西人看不起中國人之謬見”。后來他攻下理學博士，又進了西屋拿高薪，已經是美國人眼中的佼佼者，但是心里還是念著一句，“為貧窮的中國爭氣”。

回國后他果然爭氣。他課講得好，年紀輕輕就在名師云集的清華物理系嶄露頭角，學生評價他是“站在本系第一道大門上的人”，不到兩年，他就入選清華教授評議會，是14位委員中最年輕的一位。

也正是他年輕有為，一腔熱忱，陳嘉庚的廈門大學辦不下去移交公辦之時，國民政府找到他，要他接任廈大校長。他那時正值學術研究黃金年齡，但又不忍棄國不顧，抱定“個人犧牲非所當惜”的心情，臨危受命，國民政府教育部遂下了聘書。

下聘書那天又是什么時候呢？1937年7月6日。

35歲，頂著全國最年輕大學校長的名號，薩本棟這一去廈大，就面臨著全面抗戰爆發的嚴峻形勢，人還沒認全，就立刻要準備遷校。他進入校長角色極快。戰火9月剛燒至廈門，他便將廈大先行遷入時為公共租界的鼓浪嶼，并立下誓言：“未到‘最后一課’的時候，就要上課！”隨后為徹底解決安全問題，他力排眾議，親自選定長汀為廈大遷校最終目的地。在他的周密策劃和組織下，僅用20多天，廈大就將全部家當搬至長汀，師生也流失甚少。

那時長汀不過一山區小鎮，滿目荒涼。悲鳴聲中，薩本棟不為所動，說：“本校遭此劫后，更下最大決心，共同奮斗以期克敵制勝，再圖復興，重加建設。”此后8年，他勵精圖治，以身作則，在長汀辦起一所一流大學。他的人格在這8年里充分體現。國民黨特務來抓進步學生，他懟回去：“我為一校之長，家長把子女交付于我，我自當全力保護！”汪精衛要投敵，他攜全體教授發通電：“汪氏此舉，實屬喪心病狂，置國家民族于不顧。”他要學生時時謹記：“我們對暴日只能‘抗’戰而不能作‘懲罰’戰的主要原因之一，是我們的學術至今尚未獨立，我們民眾技能的水準，幾百年來未曾提高。”

在薩本棟任內，廈大由遷入長汀時的全校師生不過200余人，發展到1945年已成為擁有4個學院15個系的綜合大學，教授、副教授94人，學生達1044人，成為南方高等教育的重鎮。

很難想象，薩本棟去世后，人們對他的懷念中，居然會出現這樣的悲嘆：“他是被活活累死的。”

從過往的經歷看，薩本棟無論如何都不會是因累辭世。他身體很好，1913年11歲考入清華，受益于清華體育宗師馬約翰的教導，成為清華不可多得的體育尖子，不僅入選網球校隊，還多次捧回榮譽。即便在畢業多年后回歸清華擔任教職，他和哥哥薩本鐵的網球對抗，也因精彩紛呈，時常吸引人們的觀看。

但他真的就過勞辭世。他長期患有胃病，為辦好廈門大學忍痛不治，直到1948年病情惡化才赴美求醫，卻已是胃癌晚期。1949年1月，不到47歲的薩本棟與世長辭。

他逝世后，葉企孫極為惋惜。敬佩薩本棟愛國情懷的葉企孫嘆息道：“尤其令人傷心的是他剛剛死在中國逢到大轉變的時候，他沒有看到新中國的建立，沒有參加新中國的建設。”1949年秋天，廈門大學將他的骨灰安葬在校園內，永留紀念。