吉林醫藥學院始建于1952年，前身為中國人民解放軍第四軍醫大學吉林軍醫學院，共為軍隊和地方培養了3萬余名醫務人才，被譽為“白衣戰士的搖籃”。2004年8月，學校由軍隊整體移交吉林省，成為省屬公辦高等學校，是吉林省惟一獨立設置的西醫本科院校。2013年通過教育部本科教學工作合格評估。
學校是國家綠化模范單位、吉林省園林式單位。校區位于吉林市吉林大街5號，校本部占地面積52.73萬平方米，建筑面積27.42萬平方米，固定資產11.41億元，教學、科研儀器設備總值1.66億元。館藏紙質圖書85.91萬冊，中外文數據庫23個；文體活動中心建筑面積0.50萬平方米；室內外體育運動場所占地面積5.52萬平方米；校園主干網為千兆帶寬。
學校現有16個黨政機關、3個群團組織、13個教學單位、5個教輔單位；2所附屬醫院（第一臨床醫學院附屬四六五醫院、第二臨床醫學院附屬梅河口市中心醫院）和2所非直屬附屬醫院（附屬吉林省吉林中西醫結合醫院、附屬吉林油田總醫院），均為三級甲等醫院；各類實踐教學基地134家。
校本部現有專任教師492人，其中碩士及以上學位教師342人，高級職稱216人。新世紀百千萬人才工程國家級人選1人，全國優秀科技工作者1人，享受國務院政府特殊津貼專家1人，教育部新世紀優秀人才支持計劃人選1人，省拔尖創新人才5人（第一層次人選1人），長白山學者特聘教授１人，省突出貢獻中青年專業技術人才3人，省青年科技獎1人，省高校首批學科領軍型教授1人，省教學名師4人，省優秀教師2人。
學校現開設18個本科專業，6個專科專業，以醫學專業為主，涵蓋醫、理、工、管4個學科門類。現有國家級特色專業1個，省級特色專業4個，省級品牌專業建設點2個，省級人才培養模式創新實驗區3個，省級優秀教學團隊7個，省級實驗教學示范中心4個（建設單位2個），國家精品資源共享課1門，國家級精品課程１門，省級精品課程16門。省高校“十二五”優勢特色重點立項建設二級學科2個，重點立項培育一級學科1個。現有科研實驗平臺18個，“院士工作站”1個，省教育廳重點實驗室3個、省教育人文社科重點研究基地1個，省衛生廳重點實驗室2個，省工信廳實驗中心1個，省中醫藥管理局實驗平臺10個。
學校現有全日制在校生9419人，其中本科生8029人。學校服務面向基層衛生單位，努力契合地方經濟社會發展需求，培養了大批醫療服務、藥品生產、銷售和衛生管理的一線應用型人才。近三年，畢業生初次就業率保持在82%以上。現與吉林大學、第四軍醫大學、延邊大學、吉林師范大學聯合培養研究生，其中與延邊大學聯合培養碩士研究工作取得實質性進展，2015年，學校成為省屬首批聯合培養碩士研究生工作試點單位，目前3個學科專業招收13名碩士研究生，現有博士研究生導師3人，碩士研究生導師44人。
學校現有客座教授29人，外籍教師3人。先后與美國、英國、澳大利亞、韓國、印度等10多個國家的高校、醫院建立了合作關系。同香港Maryknoll醫院合作開展1+5境外育才項目，與韓國大邱保健大學、加圖立大學簽訂合作協議。學校啟動了留學生招生培養工作，現有留學生70人，來自5個國家。每年選派優秀教師出國交流學習，以來，共34人相繼赴英國、澳大利亞、美國和加拿大等地學習。
學校科研基礎扎實。2011年以來，立項國家重大科技專項1項、國家自然科學基金項目16項、省重大科技專項2項，省級項目181項；發表SCI收錄 70篇，重要期刊論文241篇；獲省科技成果獎12項（自然科學獎、科學技術進步獎二等獎各1項），發明專利6項。堅持科研促教學，重視培養學生創新精神，獲批省級創新創業項目150項。
學校是全國科普教育基地、首批中醫類別實踐技能考試11個國家基地之一、國家執業醫師考試吉林省基地、省農村訂單定向免費醫學生培養單位、省村級醫療衛生技術人才培訓基地、吉林市衛生技術人才培訓基地。臨床技能中心是國家執業醫師考試吉林地區考點、社區醫生培訓基地。學校是中國微量元素科學研究會理事長單位，省解剖學會、省微量元素科學研究會理事長單位、省心理學會副理事長單位，省科學學會會長單位。
學校現有兩所附屬醫院均為三級甲等醫院。附屬四六五占地面積4.4萬平方米，資產總額3億元，醫院編制床位數500張，大中型醫療設備800余臺（件）。婦產科學、口腔科為省重點專科，腔鏡治療科、疼痛科為吉林市重點建設專科，血液透析科為吉林市特色專科。現為吉林市區域醫療中心和多地定點醫療單位。附屬梅河口市中心醫院占地面積5.7萬平方米，編制床位數1000張，擁有一批先進醫療設備，其中萬元以上設備達710余臺（件），百萬元以上設備30多臺（件）。現有省級重點實驗室2個，獲評全國百姓放心百佳示范醫院、“全國縣級醫院百強、中部省份十強”、全國文明單位、吉林省勞動模范集體、省級文明單位、全省衛生系統行風建設先進單位、省級誠信單位、省級園林式單位等眾多殊榮。
學校全體師生員工正秉承“博學厚德、扶傷濟世”的校訓精神，按照“立足吉林，面向東北，輻射全國”的辦學定位，團結一致，鼓足干勁，朝著“吉林省有較大影響、東北地區有較高知名度的教學型院校，成為培養高素質應用型人才的搖籃、推動區域科技創新的沃土和服務健康產業發展的基地”的目標而努力奮斗！
