2009年4月16日，國家稅務總局以國稅發〔2009〕79號印發《企業所得稅匯算清繳管理辦法》。該《辦法》共28條，自2009年1月1日起執行。《國家稅務總局關于印發〈企業所得稅匯算清繳管理辦法〉的通知》(國稅發〔2005〕200號)、《國家稅務總局關于印發新修訂的〈外商投資企業和外國企業所得稅匯算清繳工作規程〉的通知》(國稅發〔2003〕12號)和《國家稅務總局關于印發新修訂的〈外商投資企業和外國企業所得稅匯算清繳管理辦法〉的通知》(國稅發〔2003〕13號)予以廢止。
以下為《企業所得稅匯算清繳管理辦法》全文內容：
第一條 為加強企業所得稅征收管理，進一步規范企業所得稅匯算清繳管理工作，根據《中華人民共和國企業所得稅法》及其實施條例(以下簡稱企業所得稅法及其實施條例)和《中華人民共和國稅收征收管理法》及其實施細則(以下簡稱稅收征管法及其實施細則)的有關規定，制定本辦法。
第二條 企業所得稅匯算清繳，是指納稅人自納稅年度終了之日起5個月內或實際經營終止之日起60日內，依照稅收法律、法規、規章及其他有關企業所得稅的規定，自行計算本納稅年度應納稅所得額和應納所得稅額，根據月度或季度預繳企業所得稅的數額，確定該納稅年度應補或者應退稅額，并填寫企業所得稅年度納稅申報表，向主管稅務機關辦理企業所得稅年度納稅申報、提供稅務機關要求提供的有關資料、結清全年企業所得稅稅款的行為。
第三條 凡在納稅年度內從事生產、經營(包括試生產、試經營)，或在納稅年度中間終止經營活動的納稅人，無論是否在減稅、免稅期間，也無論盈利或虧損，均應按照企業所得稅法及其實施條例和本辦法的有關規定進行企業所得稅匯算清繳。
實行核定定額征收企業所得稅的納稅人，不進行匯算清繳。
第四條 納稅人應當自納稅年度終了之日起5個月內，進行匯算清繳，結清應繳應退企業所得稅稅款。
納稅人在年度中間發生解散、破產、撤銷等終止生產經營情形，需進行企業所得稅清算的，應在清算前報告主管稅務機關，并自實際經營終止之日起60日內進行匯算清繳，結清應繳應退企業所得稅款;納稅人有其他情形依法終止納稅義務的，應當自停止生產、經營之日起60日內，向主管稅務機關辦理當期企業所得稅匯算清繳。
第五條 納稅人12月份或者第四季度的企業所得稅預繳納稅申報，應在納稅年度終了后15日內完成，預繳申報后進行當年企業所得稅匯算清繳。
第六條 納稅人需要報經稅務機關審批、審核或備案的事項，應按有關程序、時限和要求報送材料等有關規定，在辦理企業所得稅年度納稅申報前及時辦理。
第七條 納稅人應當按照企業所得稅法及其實施條例和企業所得稅的有關規定，正確計算應納稅所得額和應納所得稅額，如實、正確填寫企業所得稅年度納稅申報表及其附表，完整、及時報送相關資料，并對納稅申報的真實性、準確性和完整性負法律責任。
第八條 納稅人辦理企業所得稅年度納稅申報時，應如實填寫和報送下列有關資料：
(一)企業所得稅年度納稅申報表及其附表;
(二)財務報表;
(三)備案事項相關資料;
(四)總機構及分支機構基本情況、分支機構征稅方式、分支機構的預繳稅情況;
(五)委托中介機構代理納稅申報的，應出具雙方簽訂的代理合同，并附送中介機構出具的包括納稅調整的項目、原因、依據、計算過程、調整金額等內容的報告;
(六)涉及關聯方業務往來的，同時報送《中華人民共和國企業年度關聯業務往來報告表》;
(七)主管稅務機關要求報送的其他有關資料。
納稅人采用電子方式辦理企業所得稅年度納稅申報的，應按照有關規定保存有關資料或附報紙質納稅申報資料。
第九條 納稅人因不可抗力，不能在匯算清繳期內辦理企業所得稅年度納稅申報或備齊企業所得稅年度納稅申報資料的，應按照稅收征管法及其實施細則的規定，申請辦理延期納稅申報。
第十條 納稅人在匯算清繳期內發現當年企業所得稅申報有誤的，可在匯算清繳期內重新辦理企業所得稅年度納稅申報。
第十一條 納稅人在納稅年度內預繳企業所得稅稅款少于應繳企業所得稅稅款的，應在匯算清繳期內結清應補繳的企業所得稅稅款;預繳稅款超過應納稅款的，主管稅務機關應及時按有關規定辦理退稅，或者經納稅人同意后抵繳其下一年度應繳企業所得稅稅款。
第十二條 納稅人因有特殊困難，不能在匯算清繳期內補繳企業所得稅款的，應按照稅收征管法及其實施細則的有關規定，辦理申請延期繳納稅款手續。
第十三條 實行跨地區經營匯總繳納企業所得稅的納稅人，由統一計算應納稅所得額和應納所得稅額的總機構，按照上述規定，在匯算清繳期內向所在地主管稅務機關辦理企業所得稅年度納稅申報，進行匯算清繳。分支機構不進行匯算清繳，但應將分支機構的營業收支等情況在報總機構統一匯算清繳前報送分支機構所在地主管稅務機關。總機構應將分支機構及其所屬機構的營業收支納入總機構匯算清繳等情況報送各分支機構所在地主管稅務機關。
第十四條 經批準實行合并繳納企業所得稅的企業集團，由集團母公司(以下簡稱匯繳企業)在匯算清繳期內，向匯繳企業所在地主管稅務機關報送匯繳企業及各個成員企業合并計算填寫的企業所得稅年度納稅申報表，以及本辦法第八條規定的有關資料及各個成員企業的企業所得稅年度納稅申報表，統一辦理匯繳企業及其成員企業的企業所得稅匯算清繳。
匯繳企業應根據匯算清繳的期限要求，自行確定其成員企業向匯繳企業報送本辦法第八條規定的有關資料的期限。成員企業向匯繳企業報送的上述資料，應經成員企業所在地的主管稅務機關審核。
第十五條 納稅人未按規定期限進行匯算清繳，或者未報送本辦法第八條所列資料的，按照稅收征管法及其實施細則的有關規定處理。
第十六條 各級稅務機關要結合當地實際，對每一納稅年度的匯算清繳工作進行統一安排和組織部署。匯算清繳管理工作由具體負責企業所得稅日常管理的部門組織實施。稅務機關內部各職能部門應充分協調和配合，共同做好匯算清繳的管理工作。
第十七條 各級稅務機關應在匯算清繳開始之前和匯算清繳期間，主動為納稅人提供稅收服務。
(一)采用多種形式進行宣傳，幫助納稅人了解企業所得稅政策、征管制度和辦稅程序;
(二)積極開展納稅輔導，幫助納稅人知曉匯算清繳范圍、時間要求、報送資料及其他應注意的事項。
(三)必要時組織納稅培訓，幫助納稅人進行企業所得稅自核自繳。
第十八條 主管稅務機關應及時向納稅人發放匯算清繳的表、證、單、書。
第十九條 主管稅務機關受理納稅人企業所得稅年度納稅申報表及有關資料時，如發現企業未按規定報齊有關資料或填報項目不完整的，應及時告知企業在匯算清繳期內補齊補正。
第二十條 主管稅務機關受理納稅人年度納稅申報后，應對納稅人年度納稅申報表的邏輯性和有關資料的完整性、準確性進行審核。審核重點主要包括：
(一)納稅人企業所得稅年度納稅申報表及其附表與企業財務報表有關項目的數字是否相符，各項目之間的邏輯關系是否對應，計算是否正確。
(二)納稅人是否按規定彌補以前年度虧損額和結轉以后年度待彌補的虧損額。
(三)納稅人是否符合稅收優惠條件、稅收優惠的確認和申請是否符合規定程序。
(四)納稅人稅前扣除的財產損失是否真實、是否符合有關規定程序。跨地區經營匯總繳納企業所得稅的納稅人，其分支機構稅前扣除的財產損失是否由分支機構所在地主管稅務機關出具證明。
(五)納稅人有無預繳企業所得稅的完稅憑證，完稅憑證上填列的預繳數額是否真實。跨地區經營匯總繳納企業所得稅的納稅人及其所屬分支機構預繳的稅款是否與《中華人民共和國企業所得稅匯總納稅分支機構分配表》中分配的數額一致。
(六)納稅人企業所得稅和其他各稅種之間的數據是否相符、邏輯關系是否吻合。[2] 第二十一條 主管稅務機關應結合納稅人企業所得稅預繳情況及日常征管情況，對納稅人報送的企業所得稅年度納稅申報表及其附表和其他有關資料進行初步審核后，按規定程序及時辦理企業所得稅補、退稅或抵繳其下一年度應納所得稅款等事項。
第二十二條 稅務機關應做好跨地區經營匯總納稅企業和合并納稅企業匯算清繳的協同管理。
(一)總機構和匯繳企業所在地主管稅務機關在對企業的匯總或合并納稅申報資料審核時，發現其分支機構或成員企業申報內容有疑點需進一步核實的，應向其分支機構或成員企業所在地主管稅務機關發出有關稅務事項協查函;該分支機構或成員企業所在地主管稅務機關應在要求的時限內就協查事項進行調查核實，并將核查結果函復總機構或匯繳企業所在地主管稅務機關。
(二)總機構和匯繳企業所在地主管稅務機關收到分支機構或成員企業所在地主管稅務機關反饋的核查結果后，應對總機構和匯繳企業申報的應納稅所得額及應納所得稅額作相應調整。
