對于女職工在孕期休長病的情況，根據上海市的有關文件，主要有以下處理原則：
1、職工應履行請病假手續，提供符合法律要求的病假單。一般由醫療單位開具病假條(通常為2周/次)，并由職工提交給企業。經企業審核通過后，職工開始休病假。
2、在長病假前六個月內，企業支付病假工資，具體標準如下：
連續工齡不滿2年的，按本人工資的60%計發;
連續工齡滿2年不滿4年的，按本人工資的70%計發;
連續工齡滿4年不滿6年的，按本人工資的80%計發;
連續工齡滿6年不滿8年的，按本人工資的90%計發;連續工齡滿8年及以上的，按本人工資的100%計發。
本人工資按“職工正常情況下實得工資的70%計算。”
說明1：總體上是在原有實得工資的基礎上“折上加折”。
說明2：“職工正常情況下實得工資”是包含在職在崗期間的獎金、津貼、補貼等。因休病假的職工未能正常參加工作，因此前述因生產工作而產生的工資性收入是無法享受的，典型的示例如高溫補貼。
3、在長病假六個月期滿后，企業支付疾病救濟費，具體標準如下：
職工疾病或非因工負傷連續休假超過6個月的，由企業支付疾病救濟費，其中連續工齡不滿1年的，按本人工資的40%計發;連續工齡滿1年不滿3年的，按本人工資的50%計發;連續工齡滿3年及以上的，按本人工資的60%計發。
4、病假待遇低的“兩個保底”和病假待遇高的“一個封頂”，具體標準如下：
第一個保底：職工疾病或非因工負傷休假待遇低于本企業月平均工資40%的，應補足到本企業月平均工資的40%。
第二個保底：職工疾病休假工資或疾病救濟費不得低于當年本市企業職工最低標準的80%。企業職工疾病休假工資或疾病救濟費最低標準不包括應由職工個人繳納的養老、醫療、失業保險費和住房公積金。
以上是上海市關于懷孕女職工請病假，在病假期間的工資發放標準。
拓展閱讀：懷孕女工合同期滿怎么辦
一、懷孕女工合同期滿怎么辦
勞動法在關于解除勞動合同的規定中，對“三期”(孕期、產期、哺乳期)內的女職工給予了特殊保護，即對三期內的女工，企業不得在女工無主觀過錯的情況下，與其解除勞動合同。但在勞動合同終止的規定中，只是籠統的規定了，勞動合同期滿，勞動合同即行終止。但是勞動部門在關于貫徹勞動法若干問題意見中，從女職工的生育及哺乳期等實際情況出發，又做了補充規定：“勞動者在孕期、產期、哺乳期內，勞動合同期限屆滿時，用人單位不得終止勞動合同，合同期限應自動延續至相應的期限屆滿為止。
二、懷孕女工有哪些權利
我國的勞動法，勞動合同法，婦女權益保障法，女職工勞動保護條例等法律法規，以及許多地方的地方性法規都對保護懷孕婦女職工作了規定，賦予了懷孕女職工的法律權利，概括起來說，懷孕女職工有以下的法律權利：
第一，懷孕女職工有不被解聘的法律權利。《中華人民共和國婦女權益保障法》明確規定：任何單位不得以結婚、懷孕、產假、哺乳等為由，辭退女職工或單方解除勞動合同。《勞動法》第29條規定：女職工在孕期、產期、哺乳期內的，用人單位不得解除勞動合同。
第二，懷孕女職工有要求調換適合孕婦工作的權利。在我國，幾乎所有的工作領域都有婦女的身影，婦女懷孕后，有些崗位就不再適應，例如實行“三班倒”的工作， 懷孕的婦女在后期，就不適合繼續實行“三班倒”的工作時間模式;從事活動強度比較大的或者重體力勞動的工作，就需要調整相對比較輕松，活動強度不大的工作崗位;對從事有可能影響胎兒發育的直接接觸油漆、化工等工作崗位的，更要給以調換，各用人單位要在力所能及的情況下給孕婦職工調換工作，以適合孕婦的生理 要求。
第三，懷孕女職工有在工作時間孕期保健和產前檢查的權利。對懷孕女職工的產前檢查(包括妊娠十二周內的初查)，用人單位要提供方便，在勞動時間進行產前檢查的，按出勤對待，不能按病假、事假、礦工處理;有定額考核的工種應扣除相應的勞動定額。
第四，懷孕婦女的休息權。對懷孕7個月以上(含7個月)的女職工不得安排從事夜班和加班勞動，每天給予工間休息1小時，算作勞動時間。懷孕的婦女由于種種原因而終止妊娠，享有終止妊娠后的休息權。女職工懷孕流產的，應當根據醫務部門的證明，給予一定時間的產假。女職工懷孕不滿4個月流產時，給予15～30天 的產假;懷孕滿4個月以上流產者，給予42天產假。產假期間工資照發。
根據法律當中對女職工三期的保護，要是女職工在懷孕期間勞動合同剛好到期的話，那么單位是不能在其無主觀過錯的情況下，解除與其的勞動合同的。
