南方科技大學(xué)學(xué)科設(shè)置以理工科為主，兼具部分特色人文社會(huì)學(xué)科與管理學(xué)科。首批設(shè)立物理學(xué)、化學(xué)、生物學(xué)、微納材料與器件、金融數(shù)學(xué)與金融工程等5個(gè)系，開設(shè)物理學(xué)、化學(xué)、生物信息學(xué)、生物技術(shù)、微電子科學(xué)與工程、金融數(shù)學(xué)等6個(gè)專業(yè)。

物理系
物理學(xué)系 是南方科技大學(xué)籌辦期初創(chuàng)的五個(gè)學(xué)科院系之一，于2011年10月正式開始設(shè)立，并從海、內(nèi)外高等院校公開招聘教授、副教授、助理教授以及教學(xué)輔助人員。已經(jīng)建成一只擁有10名教授（含副教授和助理教授），以及2名教學(xué)輔助人員的師資隊(duì)伍，其中包含中國科學(xué)院院士1名，國家級(jí)教學(xué)名師2名，中組部青年*入選者1名。研究方向以實(shí)際應(yīng)用和理論并重，內(nèi)容涵蓋：表面科學(xué)、半導(dǎo)體物理、激光應(yīng)用、超導(dǎo)物理、自旋電子學(xué)、拓?fù)浣^緣體和拓?fù)涑瑢?dǎo)體、計(jì)算物理、超冷原子系統(tǒng)以及光催化在能源和環(huán)境中的應(yīng)用。在硬件設(shè)施方面，我們也已建成的配套設(shè)施完善的普通物理學(xué)教學(xué)實(shí)驗(yàn)室、近代物理教學(xué)實(shí)驗(yàn)室，以及正在建設(shè)中的設(shè)備投資上億元的高水平專業(yè)實(shí)驗(yàn)室

化學(xué)系
化學(xué)專業(yè) 是一門實(shí)踐性和應(yīng)用性較強(qiáng)的專業(yè)。隨著科學(xué)技術(shù)的迅速發(fā)展，化學(xué)作為21世紀(jì)的中心學(xué)科在生命科學(xué)、材料科學(xué)、能源科學(xué)、農(nóng)業(yè)科學(xué)、食品科學(xué)、環(huán)境科學(xué)等領(lǐng)域的應(yīng)用越來越廣泛，化學(xué)專業(yè)在保持其傳統(tǒng)特色的同時(shí)，正在煥發(fā)出勃勃的生機(jī)。
南方科技大學(xué)化學(xué)系的教學(xué)宗旨是培養(yǎng)具備堅(jiān)實(shí)的數(shù)理基礎(chǔ)、廣博系統(tǒng)的化學(xué)知識(shí)，同時(shí)掌握豐富的化學(xué)實(shí)驗(yàn)方法和技能，了解當(dāng)前化學(xué)發(fā)展前沿和趨勢(shì)的全面性的科技人才。

微納材料與器件系
微納材料和器件專業(yè) 本專業(yè)培養(yǎng)具有堅(jiān)實(shí)的材料科學(xué)以及微納電子器件理論知識(shí)，掌握前沿的材料制備技術(shù)和綠色微納電子及光電子器件設(shè)計(jì)原理及制造技術(shù)基礎(chǔ)，同時(shí)具備運(yùn)用英語和計(jì)算機(jī)應(yīng)用技術(shù)能力從事創(chuàng)新研發(fā)和跨學(xué)科交叉合作的優(yōu)秀科技人才。學(xué)生畢業(yè)后能在該領(lǐng)域內(nèi)從事微納材料、電子元器件、集成電路、以及系統(tǒng)的設(shè)計(jì)、制造和相應(yīng)的新產(chǎn)品、新技術(shù)、新工藝的研究/開發(fā)等方面工作，也適宜繼續(xù)攻讀微納材料與電子器件學(xué)及相關(guān)的高新技術(shù)學(xué)科、交叉學(xué)科等學(xué)科領(lǐng)域的研究生，可到各型企業(yè)、科研機(jī)構(gòu)、高校及事業(yè)單位從事科研、開發(fā)、教學(xué)及管理工作。

金融數(shù)學(xué)與金融工程系
金融數(shù)學(xué)及金融工程 是隨著經(jīng)濟(jì)發(fā)展而設(shè)立的一門新興交叉學(xué)科，它以數(shù)學(xué)為基礎(chǔ)和工具，定量地研究金融領(lǐng)域各類問題的分析、設(shè)計(jì)和管理方法。本專業(yè)以培養(yǎng)具有扎實(shí)的數(shù)學(xué)基礎(chǔ)、深厚寬廣的金融專業(yè)知識(shí)，能夠?qū)⑺鶎W(xué)的專業(yè)知識(shí)應(yīng)用到具體金融實(shí)踐當(dāng)中去的復(fù)合型優(yōu)秀人才。畢業(yè)后可以在銀行、保險(xiǎn)、證券、信托等金融部門從事市場(chǎng)分析、基金投資、資產(chǎn)管理等工作，也可以在教育科研部門從事教學(xué)科研工作，或者繼續(xù)攻讀研究生學(xué)位。本專業(yè)與博時(shí)基金合作辦學(xué)。

生物學(xué)
生物學(xué)系是南方科技大學(xué)籌辦期初創(chuàng)的五個(gè)學(xué)科院系之一，它與華大基因聯(lián)合辦學(xué)，于2011年10月正式開始設(shè)立，并從海、內(nèi)外高等院校公開 招聘教授、副教授、助理教授以及教學(xué)輔助人員。研究方向包括了生物信息學(xué)和生物技術(shù)方向。