云南省共有16所二本大學參與了2016云南二本大學排名，其中排名第一的是云南民族大學，排名第二的是云南農業大學，排名第三的是云南財經大學，排名前10的二本大學還有昆明醫科大學、西南林業大學、云南中醫學院、大理學院、楚雄師范學院、玉溪師范學院、曲靖師范學院，以下是云南二本大學排名2016具體榜單：
| 云南二本大學排名 | 全國排名 | 學校名稱 | 學校類型 |
| 1 | 227 | 云南民族大學 | 民族 |
| 2 | 255 | 云南農業大學 | 農林 |
| 3 | 281 | 云南財經大學 | 財經 |
| 4 | 297 | 昆明醫科大學 | 醫藥 |
| 5 | 383 | 西南林業大學 | 農林 |
| 6 | 418 | 云南中醫學院 | 醫藥 |
| 7 | 466 | 大理學院 | 綜合 |
| 8 | 489 | 楚雄師范學院 | 師范 |
| 9 | 506 | 玉溪師范學院 | 師范 |
| 10 | 572 | 曲靖師范學院 | 師范 |
| 11 | 625 | 紅河學院 | 綜合 |
| 12 | 667 | 文山學院 | 師范 |
| 13 | 684 | 普洱學院 | 師范 |
| 14 | 695 | 保山學院 | 綜合 |
| 15 | 698 | 昆明學院 | 綜合 |
| 16 | 702 | 昭通學院 | 師范 |
