上海市共有14所二本大學參與了2016上海二本大學排名，其中排名第一的是第二軍醫大學，排名第二的是上海中醫藥大學，排名第三的是上海海洋大學，排名前10的大學還有上海海事大學、上海工程技術大學、上海電力學院、上海應用技術學院、上海立信會計學院、上海第二工業大學、上海政法學院，以下是上海二本大學排名2016具體榜單
| 上海二本大學排名 | 全國排名 | 學校名稱 | 學校類型 |
| 1 | 60 | 第二軍醫大學 | 醫藥 |
| 2 | 157 | 上海中醫藥大學 | 醫藥 |
| 3 | 203 | 上海海洋大學 | 農林 |
| 4 | 242 | 上海海事大學 | 理工 |
| 5 | 288 | 上海工程技術大學 | 理工 |
| 6 | 301 | 上海電力學院 | 理工 |
| 7 | 335 | 上海應用技術學院 | 理工 |
| 8 | 387 | 上海立信會計學院 | 財經 |
| 9 | 418 | 上海第二工業大學 | 理工 |
| 10 | 423 | 上海政法學院 | 政法 |
| 11 | 433 | 上海金融學院 | 財經 |
| 12 | 433 | 上海電機學院 | 理工 |
| 13 | 443 | 上海海關學院 | 政法 |
| 14 | 477 | 上海商學院 | 財經 |
