云南省共有8所一本批次招生的大學參與了2016云南一本大學排名理科，其中排名第一的是云南大學，排名第二的是昆明醫科大學，排名第三的是云南中醫學院。
以下是2016云南一本大學排名理科，根據2015年理科一本錄取平均分排名，包含部分專業在一本招生的二本大學。
| 云南一本大學排名 | 學校名稱 | 錄取線差 | 省市分數線 | 錄取平均分 |
| 1 | 云南大學211 | 45 | 500(第一批) | 545 |
| 2 | 昆明醫科大學 | 69 | 500(第一批) | 569 |
| 3 | 云南中醫學院 | 46 | 500(第一批) | 546 |
| 4 | 云南財經大學 | 41 | 500(第一批) | 541 |
| 5 | 大理大學 | 40 | 500(第一批) | 540 |
| 6 | 昆明理工大學 | 20 | 500(第一批) | 520 |
| 7 | 云南師范大學 | 0 | 500(第一批) | 500 |
| 8 | 云南民族大學 | 0 | 500(第一批) | 500 |
