云南省共有22所二本批次招生的大學參與了2016云南二本大學排名，其中排名第一的是云南民族大學，排名第二的是云南師范大學，排名第三的是昆明醫科大學。
以下是云南二本大學排名2016具體榜單，根據2015年理科二本錄取平均分排名，包含部分專業在二本招生的一本大學。
| 云南二本大學排名 | 學校名稱 | 錄取線差 | 省市分數線 | 錄取平均分 |
| 1 | 云南民族大學 | 0 | 500(第一批) | 500 |
| 2 | 云南師范大學 | 0 | 500(第一批) | 500 |
| 3 | 昆明醫科大學 | 73 | 425(第二批) | 498 |
| 4 | 云南中醫學院 | 53 | 425(第二批) | 478 |
| 5 | 昆明理工大學 | 45 | 425(第二批) | 470 |
| 6 | 西南林業大學 | 39 | 425(第二批) | 464 |
| 7 | 云南財經大學 | 39 | 425(第二批) | 464 |
| 8 | 云南農業大學 | 36 | 425(第二批) | 461 |
| 9 | 云南警官學院 | 34 | 425(第二批) | 459 |
| 10 | 大理大學 | 33 | 425(第二批) | 458 |
| 11 | 云南師范大學 | 30 | 425(第二批) | 455 |
| 12 | 昆明學院 | 24 | 425(第二批) | 449 |
| 13 | 云南工商學院 | 19 | 425(第二批) | 444 |
| 14 | 曲靖師范學院 | 17 | 425(第二批) | 442 |
| 15 | 云南民族大學 | 17 | 425(第二批) | 442 |
| 16 | 玉溪師范學院 | 11 | 425(第二批) | 436 |
| 17 | 紅河學院 | 6 | 425(第二批) | 431 |
| 18 | 云南藝術學院 | 6 | 425(第二批) | 431 |
| 19 | 保山學院 | 2 | 425(第二批) | 427 |
| 20 | 昭通學院 | 2 | 425(第二批) | 427 |
| 21 | 楚雄師范學院 | 1 | 425(第二批) | 426 |
| 22 | 文山學院 | 1 | 425(第二批) | 426 |
