根據勞動法四十四條的規定，有下列情形之一的，用人單位應當按照下列標準支付高于勞動者正常工作時間工資的工資報酬：

(一)安排勞動者延長工作時間的，支付不低于工資的百分之一百五十的工資報酬；

(二)休息日安排勞動者工作又不能安排補休的，支付不低于工資的百分之二百的工資報酬；

(三)法定休假日安排勞動者工作的，支付不低于工資的百分之三百的工資報酬。

那么加班費的計算基數就應為勞動者“正常工作時間工資”，原勞動部《關于貫徹執行<中華人民共和國勞動法>若干問題的意見》勞部發〔1995〕309號第55條勞動法第四十四條中的“勞動者正常工作時間工資”是指勞動合同規定的勞動者本人所在工作崗位(職位)相對應的工資。

所以加班費基數可以從以下幾個方面確定：

1、勞動合同約定的工資。如果勞動合同有明確約定工資數額的，應當以勞動合同約定的工資作為加班費計算基準。應當注意的是，如果勞動合同的工資項目分為“基本工資”、“崗位工資”、“職務工資”等，應當以各項工資的總和作為基數計發加班費，不能以“基本工資”、“崗位工資”或“職務工資”單獨一項作為計算基數。

2、勞動合同沒有約定的，按照集體合同約定的工資數額確定。

3、如果勞動合同、集體合同沒有明確約定工資數額，或者合同約定不明確時，應當以實際工資作為計算基數，但不能低于當地的最低工資標準。凡是用人單位直接支付給職工的工資、獎金、津貼、補貼等都屬于實際工資，具體包括國家統計局《關于工資總額組成的規定若干具體范圍的解釋》中規定“工資總額”的幾個組成部分。

回到案例中的問題，“我公司的工資=基本工資+崗位工資+績效工資+補助，但是公司制度中規定了加班工資計算的”基數“為基本工資與崗位工資之和(非全部實際工資)，這樣做合法嗎?”根據勞動法四十四條的規定，有下列情形之一的，用人單位應當按照下列標準支付高于勞動者正常工作時間工資的工資報酬：……“應當”一詞表明這一條款屬于強制性法律規定，根據這一強制性規定，加班工資應當高于勞動者正常工作時間的工資報酬，如果用人單位只按照“基本工資+崗位工資”來作為加班基數，用人單位實際支付的加班工資低于這一數額，屬于違法行為。因此該規定違反了強制性法律規定，是無效的。再根據《北京市工資支付規定》第四十四條的規定，首先從其勞動合同約定；勞動合同沒有約定的，從其集體合同預定；勞動合同、集體合同都沒有約定的，以實際工資作為加班基數。所以，公司只是在公司制度中如此規定是無法作為加班基數的，應當以該職工的實際工資作為基數計發加班工資。

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勞動法

第四十四條　有下列情形之一的，用人單位應當按照下列標準支付高于勞動者正常工作時間工資的工資報酬：

(一)安排勞動者延長工作時間的，支付不低于工資的百分之一百五十的工資報酬；

(二)休息日安排勞動者工作又不能安排補休的，支付不低于工資的百分之二百的工資報酬；

(三)法定休假日安排勞動者工作的，支付不低于工資的百分之三百的工資報酬。