中國高等航海教育發(fā)軔于上海，1909年晚清郵傳部上海高等實業(yè)學(xué)堂（南洋公學(xué)）船政科開創(chuàng)了我國高等航海教育的先河。1912年成立吳淞商船學(xué)校，1933年更名為吳淞商船專科學(xué)校。1959年交通部在滬組建上海海運(yùn)學(xué)院。2004年經(jīng)教育部批準(zhǔn)更名為上海海事大學(xué)。為更好地服務(wù)上海國際航運(yùn)中心建設(shè)和國家航運(yùn)事業(yè)發(fā)展，根據(jù)上海市高校布局結(jié)構(gòu)調(diào)整規(guī)劃，2008年上海海事大學(xué)主體搬遷臨港新城。2009年學(xué)校舉行百年校慶系列活動。

上海海事大學(xué)是一所以航運(yùn)、物流、海洋為特色，具有工學(xué)、管理學(xué)、經(jīng)濟(jì)學(xué)、法學(xué)、文學(xué)和理學(xué)等學(xué)科門類的多科性大學(xué)。2008年，上海市人民政府與交通運(yùn)輸部簽訂協(xié)議，共建上海海事大學(xué)。
現(xiàn)設(shè)有商船學(xué)院、交通運(yùn)輸學(xué)院、經(jīng)濟(jì)管理學(xué)院、物流工程學(xué)院（設(shè)中荷機(jī)電工程學(xué)院）、法學(xué)院、信息工程學(xué)院、外國語學(xué)院、海洋科學(xué)與工程學(xué)院、文理學(xué)院（設(shè)徐悲鴻藝術(shù)學(xué)院）、科學(xué)研究院、上海高級國際航運(yùn)學(xué)院等二級辦學(xué)部門。學(xué)校致力于培養(yǎng)國家航運(yùn)業(yè)所需要的各級各類專門人才，已向全國港航企事業(yè)單位及政府部門輸送了大量畢業(yè)生，被譽(yù)為“高級航運(yùn)人才的搖籃”。

學(xué)校2013年成立中國（上海）自貿(mào)區(qū)供應(yīng)鏈研究院和上海高級國際航運(yùn)學(xué)院。中國（上海）自貿(mào)區(qū)供應(yīng)鏈研究院將自貿(mào)區(qū)建設(shè)與供應(yīng)鏈研究有機(jī)結(jié)合，以提升自貿(mào)區(qū)產(chǎn)業(yè)鏈建設(shè)水平，促進(jìn)自貿(mào)區(qū)貨物貿(mào)易向服務(wù)貿(mào)易的轉(zhuǎn)型發(fā)展，同時推動政府監(jiān)管職能的轉(zhuǎn)變。上海高級國際航運(yùn)學(xué)院采取國際上先進(jìn)的商學(xué)院運(yùn)作模式，與全球優(yōu)秀教育機(jī)構(gòu)資源共享，著力打造國內(nèi)領(lǐng)先、國際知名的航運(yùn)金融教育品牌，構(gòu)筑具有影響力的航運(yùn)高端人才輸出基地。2008年，上海市教育委員會、上海市城鄉(xiāng)建設(shè)和交通委員會、上海海事大學(xué)、虹口區(qū)人民政府等20多家單位共同發(fā)起成立上海國際航運(yùn)研究中心。中心掛靠上海海事大學(xué)，是國際航運(yùn)業(yè)發(fā)展的研究和咨詢機(jī)構(gòu)，為政府和國內(nèi)外企業(yè)與航運(yùn)機(jī)構(gòu)等提供決策咨詢和信息服務(wù)，是上海市教委首批建立的“高校知識服務(wù)平臺”之一。 ，市教委將為該平臺掛牌“上海市協(xié)同創(chuàng)新中心”。