上海中醫藥大學創立于1956年，是新中國誕生后國家首批建立的四所中醫高等院校之一。1993年上海中醫學院更名為“上海中醫藥大學”，是全國高等中醫院校中最早升格為大學的院校之一。2000年原上海醫學高等專科學校并入我校。2003年為實施上海市高校布局調整規劃，學校整體搬遷至浦東張江高科技園區，成為“張江藥谷”的重要組成部分。

學校各類在校生有7400余人，其中博士生349人、碩士生827人、本專科生（包括高職）4671人，成人教育987人，長期外國留學生588人，短期留學生每年600余人次，境外學生占本科人數總數達13.26％。

學校設有19個二級學院及部、中心，5所附屬醫院，19家醫教研聯合體醫院，14個附屬及共建研究所，9個研究中心；擁有中醫學、中西醫結合醫學、中藥學3個一級學科博士學位授予權，15個博士點，23個碩士點，3個博士后流動站，博士學位授予專業覆蓋全部中醫藥學科；本、專科專業（方向）28個；繼續教育的本、專科專業9個。

1999年學校順利通過了首批國家教育部本科教學工作優秀水平的評估，現為國家大學生文化素質教育基地、國家理科基礎研究和教學人才培養基地以及中國大學生武術訓練基地。是為數不多的同時擁有三個人才培養基地的高校之一。學校還擁有全國規模最大的中醫藥博物館，同時也被上海市列為“十大科普基地”之一。

學校作為最早建立的高等中醫藥院校，50年來名醫薈萃，人才輩出。首任校長程門雪是我國著名的中醫學家和中醫教育家，近代中國舉辦中醫學專門學校第一人，一大批聞名海上的名醫大家紛紛投身于學校的教學和臨床工作之中，其中不乏孟河學派、蔡氏婦科、徐氏兒科、顧氏外科的傳人。改革開放后，被列為國家中醫藥管理局全國名老中醫繼承班導師的就有10余人，上海市人民政府命名為“上海市名中醫”中90％以上為系統著名專家。在老一輩中醫學家的帶動下，近年來，學校又有多名中青年學術骨干進入“國家百千萬人才”、“國家青年基金”、“教育部新世紀優秀人才”、“上海市領軍人才”、“上海市醫學領軍人才”等高層次人才培養計劃，其數量居全國中醫藥院校領先地位，為學校可持續發展大俠了堅實的人才基礎。