上海第二醫科大學(原名上海第二醫學院)由圣約翰大學醫學院(1896-1952)、震旦大學醫學院(1911-1952)、同德醫學院(1918-1952)于1952年全國高等學校院系調整時合并而成。1997年學校通過了“211工程”正式立項，是國家重點建設的“211工程”大學之一。2002年又通過了“211工程”“九五”項目驗收和“十五”建設項目論證。

學校現有教職醫護員工12400人，其中專業技術人員10168名，具有高級職稱的在職人員1340名。目前在校生5700多名，其中博士生和碩士生千余名，占全校學生總數的23%，建校以來已培養畢業生25000余名。
學校有13個學院；1個校直屬系（部）；1所全國重點衛生學校；5所綜合性附屬醫院；1所專科性附屬醫院，15所教學醫院，126個教研室。有2個七年制專業，6個本科專業，6個三年制高職高專專業，有博士后流動站3個，二級學科博士點31個，碩士點47個。
學校共有74個學科，其中國家級重點學科6個，上海市重點學科7個（其中“重中之重”學科2個），上海市教委重點學科22個，上海市醫學領先專業9個，設有15個市級研究所，3個研究（培訓）中心，2個世界衛生組織合作中心，1個國家重點實驗室，1個教育部重點實驗室，3個衛生部重點實驗室和1個市屬高校開放實驗室。

學校擁有一批國內外著名的醫學專家和學者，其中包括中國科學院院士1人，中國工程院院士6人；首席科學家3人；*計劃特聘教授4人；獲國家勞動人事部授予有突出貢獻中青年科技專家稱號的10人；享受國務院頒發政府特殊津貼的290人；市級以上重點學科帶頭人36人；博士生導師155人，碩士生導師430人；200人次在國際學術機構及國內一、二級學術團體內擔任要職。
憑借較強的科研競爭力，“九五”期間共獲得各級縱向科研項目447項（國家級項目135項），其中國家重點基礎研究“973”項目3項，國家自然科學基金重大項目3.5項。學校還承擔教育和社會科學研究項目67項，其中國家教育部“面向21世紀”項目6項。“九五”期間共獲得省級以上科技成果獎199項，其中2000年度國家自然科學獎二等獎一項（一等獎空缺），國家科技進步獎16項，國家發明獎1項。
學校有幾十年的辦學經驗，歷來具有“博采眾長、勇于創新、嚴謹求實、注重質量”的傳統和優勢。具有臨床醫學教學條件優裕，臨床醫學教育和研究相結合；辦學模式多元化、人才培養復合型、課程體系多樣化、教學方法靈活、積極吸納國內外先進的辦學經驗和教學理念的優勢和特色。在國內，學校與復旦大學、上海交通大學等院校建立了校際教學協作關系，共同培養臨床醫學七年制和生物醫學工程、公共事業管理學生。與中國科學院上海生命學院合作成立了健康研究中心，聯合開展科學研究。在國際上，同法國、美國、日本、德國、比利時、波蘭、荷蘭等國的28所學校建立了校際聯系，聘請了215位外國專家為名譽教授、顧問教授和客座教授，并與世界衛生組織、聯合國人口基金會、香港華夏基金會、美國民間健康基金會有著廣泛的合作。中法合作辦學的臨床醫學七年制法文班，是中法兩國政府的重點合作項目之一。學生在校以法語為第一外語，部分基礎課程以法語授課。每年由法方派遣教授來校參與教學。經考核合格者被選送赴法國的醫院，作為實習住院醫師培訓一年。
學校以臨床醫學教育師資力量強，臨床教學條件優越而著稱，擁有瑞金、仁濟、新華、九院和寶鋼等五所綜合性附屬醫院，上海兒童醫學中心一所專科性附屬醫院，核定總床位數4767張，另有經市教委和衛生局評估合格的15所教學醫院，核定總床位數6197張。是全國附屬醫院、教學醫院和床位數最多的醫學院校。