南京中醫藥大學始建于1954年，歷經江蘇省中醫進修學校、江蘇省中醫學校、南京中醫學院、江蘇新醫學院、南京中醫學院等歷史時期，是全國建校最早的高等中醫藥院校之一，是江蘇省重點建設高校，也是江蘇省人民政府與國家中醫藥管理局共建高校。建校62年來，南京中醫藥大學為新中國高等中醫藥教育培養輸送了第一批師資、主持編寫了第一套教材和教學大綱，誕生了新中國中醫藥界最早的學部委員，為新中國中醫高等教育模式的確立和推廣做出了重要貢獻，被譽為“中國高等中醫教育的搖籃”。

學校坐落于鐘靈毓秀、虎踞龍蟠的古都南京，擁有仙林和漢中門兩個校區。現有各類在校生近2萬名，設有基礎醫學院、第一臨床醫學院、第二臨床醫學院、第三臨床醫學院（江蘇省中西醫結合醫院）、醫學與生命科學學院、藥學院、衛生經濟管理學院、護理學院、外國語學院、國際教育學院、信息技術學院、心理學院、國際經方學院、整合醫學學院、研究生院、繼續教育學院、人文與政治教育學院等教學機構，有28個本科專業，涉及醫、管、理、工、經、文6個學科門類，初步形成了以中醫藥為主體、中西醫結合、多學科為支撐協調發展的辦學格局。

學校現有國家一級重點學科1個，國家二級重點學科2個，國家重點（培育）學科2個；江蘇高校優勢學科建設工程二期項目立項學科2個、重點序列學科2個；國家中醫藥管理局中醫藥重點學科33個。臨床醫學、藥理學與毒理學2個學科進入ESI全球排名前1%。學校是全國首批具有碩士學位、博士學位授權的單位之一。現擁有中醫學、中藥學、中西醫結合3個博士一級學位點，學位點覆蓋中醫、中藥、中西醫結合所有二級學科，具有博士生導師自審權和主干學科專業的教授評審權。

學校堅持以學生為中心，著力推進9年本博一貫制和“5+3”一體化中醫拔尖人才培養模式改革，入選國家“卓越醫生（中醫）教育培養計劃改革”首批試點高校。現有卓越醫生（中醫）教育培養計劃改革試點項目3個，國家級特色專業建設點5個，國家級專業綜合改革試點項目2個，國家級精品資源共享課程6門，國家級教學團隊2個，國家級人才培養模式創新實驗區1個，國家級實驗教學示范中心3個，國家級大學生校外實踐教育基地1個，國家級規劃教材（主編）33部，國家級教學成果4項。建設有南京中醫藥大學附屬醫院（江蘇省中醫院）、南京中醫藥大學第二附屬醫院（江蘇省第二中醫院）、南京中醫藥大學附屬南京八一醫院（中國人民解放軍第八一醫院）等3家直屬附屬醫院、25所非直屬附屬醫院、4所中西醫結合臨床醫學院和1所附屬藥業，各類教學及畢業實習基地逾百所。

學校科研實力雄厚，現有國家發改委工程研究中心1個，教育部重點實驗室1個，教育部工程研究中心1個，江蘇省重點實驗室2個，江蘇省工程研究中心（工程實驗室）6個，江蘇省高校重點實驗室4個，江蘇省海洋重點實驗室1個，江蘇高校哲學社會科學重點研究基地1個，國家中醫藥管理局重點研究室4個，國家技術轉移示范中心1個，是國務院和文化部首批命名的“全國古籍重點保護單位”，是中國中醫藥文獻信息檢索中心南京分中心。近年來，學校科研工作成績顯著，先后獲國家科學技術進步獎二等獎2項，度國家自然科學基金資助立項總數挺進全國高校百強行列，項目經費總額名列全國中醫藥院校第一。學校主辦的中國中文核心學術期刊《南京中醫藥大學學報》，入選中國高校百佳科技期刊。

學校治學嚴謹，學術氛圍濃厚，名家云集，人才輩出，是全國中醫師資進修教育基地。擁有國醫大師5人，雙聘院士2人，“*”特聘教授1人，國家杰出青年科學基金獲得者5人，國務院學科評議組成員3人，國家“973計劃”項目首席科學家1人，百千萬工程國家級人選5人，國務院政府特殊津貼獲得者53人，國家有突出貢獻中青年專家1人，國家教學名師2人，全國模范教師1人，全國優秀教師6人，國家自然科學基金優秀青年基金1人，江蘇省特聘教授9人，白求恩獎章獲得者2人，何梁何利基金科學與技術創新獎獲得者1人，形成了一支在全國中醫藥院校中領先的高水平教師隊伍。

學校是世界衛生組織（WHO）傳統醫學合作中心、國家衛生部確定的國際針灸培訓中心，是國家教育部批準接受和培養外國留學生及臺港澳地區學生的首批高等中醫藥院校之一。1993年學校與澳大利亞皇家墨爾本理工大學合作開辦中醫學專業，首開我國與西方正規大學合作開展中醫學歷教育先河。學校著力通過海外孔子學院和中醫中心，推動中醫藥海外傳播。2010年6月20日，學校與澳大利亞皇家墨爾本理工大學合作建立了全球首家中醫孔子學院，*同志出席了揭牌儀式并發表重要講話。學校目前與世界90多個國家和地區有著廣泛交流和聯系，并與世界30多個國家和地區的政府、高等院校或學術團體及機構建立了友好合作關系，具有較高的國際聲譽和影響力，已建成英國、瑞士和澳大利亞3個國際中醫中心。

在長期的辦學實踐中，學校秉承“自信敬業”的校訓、“團結奮進、繼承創新”的校風、“仁德、仁術、仁人”的教育理念，彰顯特色，追求卓越，各項事業快速發展，2015年學校以優異的成績順利通過本科教學工作審核評估和中醫學、中藥學專業認證，《2016中國大學評價》排名位居全國中醫藥院校之首。面向未來，學校將繼續深化體制機制改革，大力實施“人才強校、質量興校”戰略，堅持特色發展，加強內涵建設，積極創建“國際著名、國內一流”的中醫藥大學，努力躋身于全國具有鮮明特色的高水平大學行列。