學校創辦于1956年9月，原名為“江蘇省南通區、市商業職工學校”；1965年更名為“南通市商業學校”；1978年更名為“江蘇省南通供銷學校”，由江蘇省供銷合作總社主管；2003年升格為“江蘇省南通商貿高等職業學校”，增掛“江蘇聯合職業技術學院南通商貿分院”校牌；2013年1月晉升為“江蘇商貿職業學院”，隸屬于江蘇省供銷合作總社。

學校占地面積502畝，規劃總建筑面積32萬平方米。現設有會計與金融、經濟與貿易、電子商務與物流、藝術與電子信息、建筑工程與管理等5個二級學院和基礎部、繼續教育學院；開設的近30個高職專業，基本覆蓋了江蘇供銷合作社及區域現代服務業主要產業和行業；建有物流、商貿、計算機、會計、金融、電子等實訓中心，共90個實訓室，教學設備總值約6000萬元；現有專任教師340人，外籍教師7名，中高級職稱占70%以上，“雙師型”教師占70%以上；全日制在校學生近8000人。近幾年，畢業生就業率一直保持在98%以上，建校以來先后為社會輸送了6萬多名合格畢業生。

學校辦學近60年來，凝聚了“自加壓力、開拓創新、團結拼搏、樂于奉獻”的辦學精神，確立了“環境、目標、能力”三位一體的治校方略，形成了“立足地方聚合地緣優勢，依托系統彰顯商貿特色”的辦學理念。學校先后被授予首批全國物流職業教育人才培養基地、全國國際商務人才培養基地、江蘇省首批職業教育技能教學研究基地、江蘇省商務人才培訓服務平臺、南通市現代服務業公共實訓基地、南通市服務外包人才培訓基地，先后榮獲全國供銷合作社系統先進集體、江蘇省供銷合作社系統先進集體、江蘇省供銷合作社系統創新創優先進單位、江蘇省職業教育與社會教育先進單位、江蘇省職業院校技能大賽先進單位、江蘇省德育工作先進單位、江蘇省文明校園、江蘇省平安校園等稱號。

進入新的發展階段，學校正匯集政校行企各方力量，創新辦學體制機制，突出內涵質量建設，全面提升核心競爭力，全力打造有特色、高水平、受歡迎的新型職業學院。