湘杏學院為獨立學院，系湖南中醫藥大學屬下的二級法人機構，實行董事會領導下的院長負責制。董事長由湖南中醫藥大學校長擔任，董事會工作遵循董事會章程。湘杏學院院長為法定代表人，按章程主持全院工作，并向董事會負責。

根據國家教育部[2003]8號文件規定，湘杏學院具有獨立的校園和基本辦學設施，實施相對獨立的教學組織和管理，獨立進行招生，獨立頒發學歷證書，獨立進行財務核算。湘杏學院堅持的教育方針，全面貫徹黨的教育路線，為培養合格的中西醫藥人才為辦學宗旨。并積極引進社會資金，增加教育投入。擴大現有辦學規模，不斷提高教育質量。積極探索規律下新的辦學體制和運行機制。著力辦出湘杏學院的特色，努力打造省內一流的公辦民助獨立學院。湘杏學院湘杏學院位于省會長沙市韶山中路113號湖南中醫藥大學東塘校區，環境優美，教學設備齊全，師資力量雄厚。教學、科研、學生管理嚴謹規范，學習、生活環境優美。

湘杏學院現開設中醫學、中西醫結合臨床學、針灸推拿學、醫學影像學、護理學、應用心理學、市場營銷、藥學、中藥學、藥物制劑、制藥工程、生物工程等12個本科專業，面向省內外招生，現有在校學生2660人。

湘杏學院設立如下行政機構：辦公室、行政科、學生科、教務科、水電管理科、飲食服務中心、醫療服務中心、財務科、保衛科。

湘杏學院教學機構設5部2館：公共課部(含社會科學部);基礎醫學部;臨床醫學部;藥學部;針灸推拿學部;圖書館;體育館。

湖南中醫藥大學湘杏學院是依托湖南中醫大學師資、條件等辦學，共享學校資源。湖南中醫大學有1個國家重點學科：中醫診斷學;3個國家中醫藥管理局重點學科：中醫診斷學、中醫外科皮膚科學、中醫眼科學;7個湖南省重點學科：中醫內科學、中醫外科學、中醫五官科學、針灸推拿學、中醫基礎理論、中西醫結合臨床、中藥學。設有中醫學博士后科研流動站;博士點13個，碩士點16個。中醫診斷學學科以郭振球、朱文鋒教授等著名中醫學家為首，開展了中醫微觀辨證、中醫病證規范化等方面的研究，在本學科研究領域居國內領先水平。