武漢生物工程學院2017年在全國民辦本科院校排名第55位，本省民辦本科大學排名第9位，本排名數據來源自中國校友會的2017年中國最佳大學排行榜。下面為武漢生物工程學院歷年排名曲線圖和表格，以及湖北所有民辦本科大學排行榜數據。
| 武漢生物工程學院歷年排名表 | |||||
| 年度 | 全國排名 | 省內排名 | 分類 | 分類排名 | 總分 |
| 2016 | 55 | 9 | 理工 | 15 | 94.15 |
| 2015 | 47 | 7 | 理工 | 12 | 92.83 |
| 2014 | 36 | 4 | 理工 | 6 | 93.23 |
| 2013 | 24 | 4 | 理工 | 5 | 96.52 |
| 2012 | 34 | 4 | 理工 | 6 | 93.42 |
| 本省排名 | 學校名稱 | 城市 | 全國排名 | 總分 | 星級 |
| 1 | 武昌首義學院 | 武漢市 | 1 | 100.00 | 5星級 |
| 2 | 文華學院 | 武漢市 | 2 | 99.81 | 5星級 |
| 3 | 武漢工商學院 | 武漢市 | 20 | 97.83 | 4星級 |
| 4 | 武漢東湖學院 | 武漢市 | 21 | 97.77 | 4星級 |
| 5 | 武昌理工學院 | 武漢市 | 22 | 97.51 | 4星級 |
| 6 | 武漢學院 | 武漢市 | 27 | 96.69 | 4星級 |
| 7 | 漢口學院 | 武漢市 | 29 | 96.46 | 4星級 |
| 8 | 武漢工程科技學院 | 武漢市 | 39 | 95.62 | 4星級 |
| 9 | 武漢生物工程學院 | 武漢市 | 55 | 94.15 | 3星級 |
| 10 | 武昌工學院 | 武漢市 | 70 | 90.83 | 2星級 |
| 11 | 湖北商貿學院 | 武漢市 | 83 | 87.57 | 2星級 |
| 12 | 武漢設計工程學院 | 武漢市 | 93 | 86.41 | 1星級 |
