南陽醫專的前身是創辦于1951年的南陽衛校。2004年經國家教育部批準升格為南陽醫學高等專科學校。2006年南陽市委市政府對南陽醫學教育資源進行整合，將南陽中醫藥學校連同張仲景國醫大學（理工學院國醫國藥系）并入南陽醫學高等專科學校，形成了中西醫結合、優勢互補的辦學格局。目前，學校占地1316畝。校舍建筑面積47.8萬平方米，教學科研儀器設備總值1.05億元。館藏圖書150余萬冊，中外文期刊1520種。學校內設20個黨政群團機構，14個教學系(部、院)，6個教輔機構。開設有臨床醫學、護理、醫學影像技術等18個專業，并與美國卡姆登學院、菲律賓伊密里歐學院合作辦學。學校有專任教師715人，其中：高級專業技術職務263人（正高60人），碩士以上學位325人，外國文教專家6人。5人被聘為高校碩士、博士生導師。

我校現有專門的科研機構15個，其中市級以上研究機構7個。并建有設備先進，功能配套，面積2300平方米的科研實驗中心。2012年學校被批準設立河南省博士后研發基地。艾滋病解剖標本填補國內外空白，中藥標本館、人體生命科學館全國一流，仲景文化特藏館獨具特色,《國醫論壇》為國家級期刊，創辦的“中國解剖網”被中國解剖學會確定為專用網站。

學校還建有國家級示范性實訓基地1個，省級示范性實訓基地建設5個；省級特色專業5個，河南省教改試點專業2個，河南省高等學校專業綜合改革試點專業4個，中央財政支持建設專業2個；省級精品課程3門，河南省高等學校精品資源共享課程2門；省級教學團隊3個。先后承擔、完成了省級教育教改項目10項；國家授權專利201項；國家中醫藥管理局項目3項；國家自然科學基金項目1項；國家中醫藥管理局中醫藥科技專項中標項目1項。先后榮獲河南省高等教育教學成果特等獎1項；中華醫學科技二等獎1項；湖北省科技成果二等獎1項。2008年在教育部人才培養水平評估中被評為優秀等次；2013年又順利通過第二輪人才培養工作評估，22項評估指標全部獲優。被評為“河南省職業教育品牌示范學校”。

學校自主創建直屬附屬醫院3所，床位3100余張。第一附屬醫院為國家三級綜合醫院、全國百姓放心示范醫院和河南省全科醫師培訓基地、河南省住院醫師規范化培訓基地和全省愛嬰醫院，規模床位1800張，可獨立開展心臟冠狀動脈搭橋、心腦血管介入治療等高難醫療項目。第二附屬醫院為國家二級甲等中醫院和河南省示范性綜合實訓基地，規模床位500張，近期搬遷新址后，床位擴大到1000張。第三附屬醫院是以眼科和微創為特色的國家二級綜合醫院，規模床位300張。三所附屬醫院均建有較為完備的實訓場地和示教場所，承擔著我校全部臨床教學任務，為同學們實習、見習提供了保證。

學校先后榮獲“河南省文明單位”、“河南省職業教育攻堅先進單位”、“河南省示范性高職高專先進單位”、“河南省思想政治工作先進單位”、“河南省高校學生工作先進集體”等榮譽稱號40余項。