清華大學以267.55分名列第一名，北京大學、浙江大學分別以226.61分、208.03分獲得第二、第三名。清華、北大、浙大已經連續7年蟬聯中國大學三甲。進入前10名的大學依次還有：上海交通大學、復旦大學、南京大學、華中科技大學、武漢大學、吉林大學、中山大學。與上一年度的前10名相比，上海交通大學由第7名上升到第4名，復旦大學、南京大學、華中科技大學因上海交大連升三名而各下跌一名。

聚志愿認為，上海交通大學由第7名上升到第4名有兩個原因。一個是上海交通大學與上海第二醫科大學合并，強強聯合產生了綜合實力更強大的新上海交通大學;但這不是主要的，主要的原因是上海交通大學在過去的10年自身高速成長。上海交大在1997年是第21名，如果上交和上二醫兩校不合并，上海交通大學在2006年也會排在第5名。聚志愿說，如果原上交和原上二醫迅速融合，上海交通大學保持最近10年的發展速度，那么將在三年以后挑戰浙江大學第三名的位置。若干年以后，上海交通大學與清華北大并肩進入世界一流大學，甚至先行一步也是可能的。因為最近幾年清華北大的發展速度明顯低于上海交通大學，浙江大學的發展速度也高于清華北大。

《中國大學評價》課題組還評出了15所2006年中國一流大學。2006年中國一流大學名單和數量與上年完全相同。區別在于：北京大學醫學從第二名上升到第一名，中國協和醫科大學醫學由第一名降為第二名;清華大學管理學從第三名上升到第二名，浙江大學管理學由第二名降為第三名;天津大學工學從第六名上升為第五名，華中科技大學工學由第五名降為第六名。從歷年的數據分析，中國協和醫科大學一旦失去醫學第一名，就很難逆轉。

以聚志愿為組長的《中國大學評價》課題組還評出了36所2006年中國研究型大學。中國地質大學首次進入研究型大學。不過，由于中國地質大學已經分別在武漢、北京兩地以中國地質大學(北京)、中國地質大學(武漢)兩個校名分別單獨辦學，各類資源設施等也將陸續分開，故此次進入研究型大學實際是對過去幾十年辦學效果的總結。兩校完全分開后，無論是中國地質大學(北京)還是中國地質大學(武漢)都很難再進入研究型大學。

與上年相比，貴州大學(與貴州工業大學合并)、成都理工大學、江南大學、中國藥科大學、河北工業大學、華北電力大學等6校進入中國大學前100名，其中貴州大學、江南大學、中國藥科大學、河北工業大學、華北電力大學等5校是211工程大學。

《中國大學評價》課題組同時完成了理學、工學、農學、醫學、哲學、經濟學、法學、教育學、文學、歷史學、管理學等十一個學科門類的排名。清華大學獲得工學第一名，北京大學獲得理學、醫學、哲學、法學、文學第一名，中國農業大學獲得農學第一名，中國人民大學獲得經濟學第一名，北京師范大學獲得教育學、歷史學第一名，西安交通大學獲得管理學第一名。

課題組也對中國大學300個本科專業進行了排名，北京大學、清華大學的本科專業第一名數量大幅領先其他大學。

2006中國大學排行榜的全部內容見聚志愿主編、中國統計出版社出版的《挑大學 選專業-2006高考志愿填報指南》。