全國共有3所開設了藥物化學專業的大學參與了排名，其中排名第一的是中國藥科大學，排名第二的是廣東藥學院，排名第三的是上海工程技術大學，以下是藥物化學專業大學排名列表：

以上藥物化學專業大學排名是根據藥物化學專業在熱門省市（北京、湖北、廣東等）的錄取分數線綜合排名，供大家參考。

藥物化學專業都具有很強的專業性，比如藥理學、藥劑學、藥理分析等，不光是學點化學就可以掌握的，藥學有著其較為特殊的專業性，但是藥物化學，相對來說，是交叉性較強的一門學科，也是藥學的一門基礎性學科，對生物化學、分子生物學、分析化學都有涉及，因此它的廣泛性和綜合性，使其成為申請人數頗多的一門藥學類專業。

本專業擁有分子生物學、分子藥理學和分子醫學生物學等儀器設備先進的實驗室。擁有600兆核磁共振波譜儀、流式細胞儀、生物大分子相互作用儀、核酸測序儀、蛋白質分析儀和高效毛細管電泳儀等先進的儀器設備，并與國內外許多科研機構保持廣泛的交流與合作。

藥物化學是一門發現與發明新藥、合成化學藥物、闡明化學藥物性質、研究藥物分子與機體細胞（生物大分子）之間相互作用規律的綜合性學科，是藥學領域中重要的帶頭學科。主要內容包括藥物合成、天然藥物化學、藥物優化設計與計算、藥物輸送系統、天然活性成分、分離和純化、構效關系和藥物分子設計等研究。藥物化學的首要任務是發現先導物，進而開發高效、低毒的新藥。因此藥物化學是藥學學科的重要的支撐和主干學科。