軟件工程專業課程設置分為六大類，依次為公共基礎課、專業基礎課、專業課、專業選修課、集中實踐課和課外實踐課。

專業基礎課主要有：面向對象程序設計、計算機電路、數據結構、工程數學、離散數學、數據庫系統概論、軟件集成開發環境、計算機組成原理與實驗、工程設計導論、匯編語言、操作系統與實驗、計算機網絡、軟件工程、軟件工程專業英語、編譯原理與實驗、系統分析與設計和軟件質量保證與測試等課程。

專業課分為四個方向：動漫與數字媒體藝術方向、數據庫應用技術方向、嵌入式軟件技術方向和網絡與通信軟件技術方向。

動漫與數字媒體藝術方向專業課主要有：計算機平面設計、數字媒體藝術概論、構成基礎、三維動畫-MAYA和Flash AS 程序設計等課程；

數據庫應用技術方向專業課主要有：MySQL 數據庫設計與應用、SQL Server 數據庫設計與應用、XML基礎、大型數據庫開發與應用和數據倉庫等課程；

嵌入式軟件技術方向專業課主要有：嵌入式操作系統、嵌入式微處理器結構與應用、Android應用程序開發、嵌入式Linux程序設計和WinCE應用程序開發等課程；

網絡與通信軟件技術方向專業課主要有：通信原理與技術、網絡規劃設計、WEB 編程技術、網絡操作系統和網絡信息安全等課程。