南通市內比較好的本科大學名單有：南通大學、南通理工學院、南通大學杏林學院。
一、南通市內本科學校的一覽表
| 序號 | 學校名稱 | 主管部門 | 所在地 | 辦學層次 | 備注 |
| 1 | 南通大學 | 江蘇省 | 南通市 | 本科 | |
| 2 | 南通理工學院 | 江蘇省教育廳 | 南通市 | 本科 | 民辦 |
| 3 | 南通大學杏林學院 | 江蘇省教育廳 | 南通市 | 本科 | 民辦 |
二、南通市內公辦本科大學名單一覽表
| 序號 | 學校名稱 | 主管部門 | 所在地 | 辦學層次 | 備注 |
| 1 | 南通大學 | 江蘇省 | 南通 | 本科 | 公辦 |
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