重慶市共有14所二本批次招生的大學參與了2016重慶二本大學排名理科，其中排名第一的是重慶醫科大學，排名第二的是西南政法大學，排名第三的是重慶工商大學。
以下是重慶二本大學排名理科2016具體榜單，根據2015年理科二本錄取平均分排名，包含部分專業在二本招生的一本大學。
| 重慶二本大學排名 | 學校名稱 | 錄取線差 | 省市分數線 | 錄取平均分 |
| 1 | 重慶醫科大學 | 61 | 527(第二批) | 588 |
| 2 | 西南政法大學 | 48 | 527(第二批) | 575 |
| 3 | 重慶工商大學 | 40 | 527(第二批) | 567 |
| 4 | 四川外國語大學 | 40 | 527(第二批) | 567 |
| 5 | 重慶理工大學 | 39 | 527(第二批) | 566 |
| 6 | 重慶師范大學 | 36 | 527(第二批) | 563 |
| 7 | 重慶交通大學 | 36 | 527(第二批) | 563 |
| 8 | 重慶科技學院 | 30 | 527(第二批) | 557 |
| 9 | 四川美術學院 | 27 | 527(第二批) | 554 |
| 10 | 重慶文理學院 | 23 | 527(第二批) | 550 |
| 11 | 重慶警察學院 | 22 | 527(第二批) | 549 |
| 12 | 重慶三峽學院 | 13 | 527(第二批) | 540 |
| 13 | 重慶第二師范學院 | 12 | 527(第二批) | 539 |
| 14 | 長江師范學院 | 12 | 527(第二批) | 539 |
