安徽中醫藥大學創建于1959年，其前身為1952年創立的安徽省中醫進修班（學校）。1959年，安徽省政府正式批準成立安徽中醫學院，郭沫若先生題寫校名。1970年，安徽中醫學院并入安徽醫學院。1975年，國家教育部批準恢復安徽中醫學院。2000年，安徽省醫藥學校并入安徽中醫學院。2011年，省政府批準在安徽中醫學院的基礎上組建成立安徽省中醫藥科學院。2013年，教育部同意安徽中醫學院更名為安徽中醫藥大學。
學校是國家中醫臨床研究基地、國家中藥現代化科技產業（安徽）基地、國家中醫藥國際合作基地、國家藥品臨床研究基地、國家博士授權單位、碩士研究生推薦免試單位。2005年以良好成績通過國家教育部本科教學工作水平評估，2009年、2016年學校以優異成績分別通過國家教育部中醫學、中藥學專業試點認證。
學校現占地總面積1171畝，有少荃湖、梅山路、史河路三個校區。分別坐落于合肥市新站區前江路1號、蜀山區梅山路103號、蜀山區史河路45號。教學科研儀器設備總值18907萬元。圖書館藏書近200萬冊（其中紙質圖書98.93萬冊），古籍部珍藏古籍線裝書3.3萬冊，是“全國古籍重點保護單位”。中藥標本中心儲藏了15萬份藥用植物臘葉標本，是全國醫藥院校珍藏標本最豐富的標本館。新安醫學文化中心是安徽省中醫藥文化宣傳教育基地。
學校現有全日制在校生14820人（其中博士生、碩士生1246人）。現有16個二級學院（部）（含3所直屬附屬醫院）、5所非直屬附屬醫院。現有教職工3000多人（含附院），其中副高以上職稱人員500余人。國醫大師2人，安徽省高校領軍人才5人，博士生導師31人，碩士生導師472人；享受國務院特殊津貼15人、省政府特殊津貼8人；安徽省學術與技術帶頭人、后備人才25人；國家名老中醫學術經驗項目指導老師26人。有來自國內外的61名知名專家學者擔任我校客座教授。
學校現有24個本科專業（其中國家教育部高等學校特色專業5個，22個專業列入一本招生），有3個一級學科博士學位授予點，5個一級學科碩士學位授予點、25個二級學科碩士學位授予點、5個碩士專業學位授權點。有國內一流學科B類項目1個、安徽省學科建設重大項目2個、國家中醫藥管理局重點學科17個，省級B類重點學科11個。有7個衛生部國家臨床重點專科，21個國家中醫藥管理局重點建設專科、23個安徽省中醫藥重點專科。
安徽中醫藥大學師哥師姐說宿舍條件
1、一層樓一個公共開水間，一個公共浴室，6個淋浴位置
2、4人間，肯定能上網
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3、上床下桌，獨衛陽臺，有淋浴，不過是冷水。所有寢室都是單號向陽，新生入住是寢室不是自己挑的，我們去年是按先后順序領取寢室號碼，鑰匙，先到先選鋪。
4、每棟樓每層31個寢室，每個寢室4人
5、一共七棟，1-4棟是12層的，每棟有4個電梯。5-7棟是18層的，有5個電梯。每棟樓每層31個寢室，每個寢室4人，一層樓一個公共開水間，一個公共浴室，6個淋浴位置。上床下桌，獨衛陽臺
